马英九在典礼讲话中谈到了两岸关系议题，他说，两岸局势与以前大不相同，或许大家会困惑，两岸关系到底是敌是友。他提醒毕业生，即使两岸关系缓和，也别忘了“威胁性还是存在”。

    马英九又说，去年台湾与大陆贸易额高达1300亿元以上，在台湾的贸易总额里占有相当大比例，因此双方经贸相当紧密是不争的事实，目前也可以说，“大陆既是威胁也是机会”。

    马英九表示，一个睿智的领导人所要做的，就是“将威胁极小化，机会极大化”。台湾的安全要靠自己，不能依靠别人的保护，因此“必须采购防卫性武器”，目前台当局“国防部”已经提出采购清单，将按照惯例进行采购。